连接接头建库是目前市场上应用比较广泛的技术，其建库方式已经很成熟。

基本过程是：首先通过物理打断或酶切打断的方式将提取好的基因组DNA片段化，片段化后的DNA末端需要进行补平修复和加A，再在DNA连接酶的作用下，再连接上接头，最后通过PCR扩增，中间再穿插着纯化/分选步骤就完成了文库的构建。

优点：末修连接法建库可以有效保留样本几乎所有基因组信息，非常有利于未知拷贝数和基因组变异的检测，是全基因组测序和外显子测序的主要建库手段。

缺点：建库过程中步骤相对较多，中间还穿插了多次的磁珠纯化，繁琐步骤容易造成误差。

1.转座子用于测序文库构建时，将DNA片段化、末端修复、接头连接等多步反应转变为1步反应，极大缩短建库时间，提高工作效率。

1.对DNA的纯度和DNA浓度准确性要求较高，否则会影响打断的效果。

PCR扩增子建库流程

优点：

1.PCR扩增子建库通过定制引物Panel完成文库构建。PCR扩增子建库方法具有临床应用性，可以针对疾病目标基因进行捕获，提高目标基因检测的覆盖度和测序深度，解释临床结果。

2.PCR扩增子方法建库可以通过单次测序反应检测更多患者样本，大大减少后期生信分析的任务，获得的数据更易于储存和管理。

缺点：

1.PCR扩增子建库应用于全外显子或全基因组建库时，由于设计出的引物不能完全扩增出所有的待测片段会导致最终的文库覆盖率较低。

2.当扩增子之间有重叠时，为了避免重叠部分产生的短扩增子的优势扩增的影响，需要有两个或多个引物池，这样就会导致试验流程复杂且增加成本。

3.应用在mNGS检测上，需要对致病菌有提前的预判，也违背了mNGS检测无偏倚性的初衷，同时如果引物Panel设计的不够全面，容易出现漏检的情况。

4.多重PCR反应中容易出现引物二聚体的积累，引物二聚体的扩增会大量消耗引物本身和体系中其他的原料，甚至有抑制所需DNA序列扩增的效果。