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PCR做完了,为什么还要跑胶?

对于刚进入实验室的同学来说,核酸电泳几乎是每个人都会接触到的第一项分子实验。很多人觉得它只是"把DNA跑出来看看",但实际上,一张电泳图能够反映PCR扩增是否成功、DNA是否完整、是否存在杂带或降解等重要信息。

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电泳分离后的DNA Marker与DNA片段

今天,就带大家快速了解核酸电泳实验,让第一次跑胶也能少走弯路。

什么是核酸电泳?

核酸电泳最常用的方法是琼脂糖凝胶电泳(Agarose Gel Electrophoresis),一种以琼脂糖凝胶为载体,利用DNA或RNA带负电荷,在电场作用下按照片段大小进行分离的经典实验技术。

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凝固成型的琼脂糖凝胶

可以简单理解为:

DNA越小,跑得越快;DNA越大,跑得越慢。

因此,科研人员可以根据DNA条带的位置和形态,判断实验是否达到预期。

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核酸电泳原理示意图

电泳最常用于:

✔ PCR产物检测

✔ DNA提取质量检查

✔ 酶切结果验证

✔ 分子克隆实验

✔ RNA完整性初步检测

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琼脂糖凝胶浸没在电泳槽里的缓冲液中

一次完整的电泳实验,需要哪些试剂?

虽然电泳操作并不复杂,但每一种试剂都有自己的作用。

琼脂糖(Agarose):构建凝胶,分离不同大小DNA

TAE/TBE Buffer :电泳缓冲液,提供稳定导电环境,同时用于配制凝胶

Loading Buffer/Dye:上样缓冲液,增加样品密度,便于上样,同时指示电泳进度

DNA Marker/Ladder:判断DNA片段大小、浓度,间接判别电泳条件是否合适

核酸染料:让DNA条带可视化

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核酸样品在琼脂糖凝胶中迁移

可以把它们理解成:

凝胶是"跑道",Buffer是"电流环境",Marker是"尺子",染料则是让DNA能够被看见。

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核酸电泳主要试剂清单

电泳实验流程,其实只有6步

对于新手来说,可以记住下面这个流程:

① 配制琼脂糖凝胶(+核酸染料)*

② 倒胶并插入梳子

③ 样品与Loading Buffer混合后上样

④ 接通电源进行电泳

⑤ 凝胶成像

⑥ 分析结果

* 核酸染料可以预染凝胶使用,也可以在电泳完成后通过泡染法对凝胶进行染色。

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核酸电泳流程

整个实验通常只需要30~60分钟即可完成。

新手最容易忽略的5个细节

很多电泳失败,并不是仪器的问题,而是一些容易忽略的小细节。

① 电极千万不要接反

DNA带负电,只会向正极移动。

如果方向接反,DNA会直接跑出凝胶。

② 不要一味提高电压

很多同学为了节省时间,把电压调到150 V甚至更高。

虽然跑得快,但容易导致凝胶发热,出现条带弯曲、拖尾等问题。

一般建议控制在80~120 V。

③ 上样动作要轻

枪头不要扎破胶孔。

加样速度过快,也容易导致样品扩散。

④ 一定不要忘记加入DNA Marker

Marker不仅仅是一个"对照",更是一把判断DNA大小的"分子尺"。

没有Marker,很难判断PCR产物是否正确。

⑤ 关注条带,不只是有没有

真正重要的是观察:

✔ 条带是否清晰

✔ 是否有杂带

✔ 是否出现拖尾

✔ 是否存在引物二聚体

这些信息往往比"有没有条带"更重要。

此外,凝胶的浓度选择和制备过程、缓冲液的配制和换新、核酸染料的种类和使用方法等也会影响电泳结果。如果电泳结果不理想,需要从多方面排查原因。

一张电泳图,可以告诉你什么?

很多老师拿到电泳图,只需几秒钟就能判断实验是否成功。

例如:

✔ 条带清晰、位置正确

说明PCR扩增效果较好。

✔ 出现很多杂带

通常提示发生了非特异扩增,需要优化PCR条件。

✔ 条带拖尾

可能与模板降解、DNA浓度过高或电泳条件不当有关。

✔ 完全没有条带

需要依次检查PCR体系、模板质量、引物、酶以及电泳操作是否存在问题。

因此,学会"读懂胶图",比学会"跑胶"更加重要。

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DNA电泳常见结果

东盛生物核酸电泳解决方案

一张清晰、稳定的电泳结果,离不开规范的实验操作,也离不开可靠的试剂支持。

东盛生物提供完整的核酸电泳系列产品,可满足科研实验、教学实验及常规PCR检测等多种应用需求,包括:

✔ Classic DNA Marker 系列 / LD DNA Marker 系列

✔ 琼脂糖(Agarose)

✔ TAE / TBE Buffer

✔ 上样缓冲液

✔ PureView Green 核酸染料 / DSView 核酸染料 / EB 核酸染料

 

东盛生物核酸电泳相关试剂

 

无论是PCR产物检测、DNA提取质量分析,还是酶切验证与分子克隆实验,都可以根据实验需求选择合适的电泳产品组合。

 

东盛生物DNA Marker产品清单

 

核酸电泳是分子生物学实验中最基础、也是最重要的实验技能之一。

对于实验室新人来说,学会规范操作只是第一步,更重要的是学会从一张电泳图中发现问题、分析问题,并不断优化实验条件。

掌握这些基础知识,相信你的下一次跑胶,不仅能"跑出条带",更能真正读懂每一条DNA背后的信息。

欢迎持续关注东盛生物,与您分享更多PCRqPCR、核酸电泳及分子生物学实验技巧。

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